Herschel estudió también otras galaxias, en particular la gran nebulosa de Andrómeda, de la cual supuso, correctamente, que brillaba con "el resplandor unido de millones de estrellas". Hasta observó que la parte central de Andrómeda era de "un tenue color rojo". En efecto, la región central de esta gigantesca galaxia tiene un matiz un poco más cálido que el disco circundante, pues consiste en viejas estrellas rojas y amarillas, mientras que en el disco predominan las jóvenes estrellas azules, pero parece increíble que esta diferencia, que sólo fue verificada en el siglo XX, pueda haber sido detectada por un astrónomo del siglo XVIII. Y aun siendo Herschel quien era, uno a veces se asombra.
Pero el legado más importante de Herschel no son tanto sus conclusiones, correctas o equivocadas, como su enfoque proféticamente moderno de la astronomía del espaio profundo. En una época en que la mayoría de los astrónomos se dedicaban a observar los planetas a través de los estrechos campos de los telescopios refractores, Herschel cosechaba grandes cantidades de luz antigua, proveniente de nebulosas y galaxias distantes. Mientras aquéllos refinaban sus cálculos de distancias dentro del sistema solar hasta el segundo lugar decimal, él trataba de hacer el mapa de multitud de estrellas del espacio intergaláctico. Mientras los primeros usaban las estimaciones de la velocidad de la luz para ajustar sus cálculos de las órbitas de los satélites de Júpiter, él veía -y lo comprendió- tan lejos en el espacio como para contemplar el universo tal como era hace millones de años en el pasado. El uso de Herschel de los grandes telescopios reflectores para comprender lo que él llamaba "la construcción de los cielos" quizá fuese técnicamente precipitado, pero presagió los métodos de los astrónomos del siglo XX, quienes harían realidad sus sueños. Para Kant y Lambert, la cosmología había sido principalmente interna; Herschel la sacó al exterior.
Sustentado por su amor a lo que él llamaba "esta magnífica colección de estrellas" en que vivimos, Herschel siguió trabajando hasta el fin. "Lina, hay un gran cometa -le escribió a su hermana Caroline el 4 de julio de 1819-. Quiero que tú me ayudes. Ven a comer y pasa el día aquí. Si puedes venir poco después de la una, tendremos tiempo de preparar mapas y telescopios. Vi su situación la noche pasada; tiene una larga cola." En ese momento tenía ochenta años, y aún trabajaba cuando murió, dos años más tarde.
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