Sin embargo, hubo un honor que nuestro amigo tardó en alcanzar, aunque lo persiguió con ahínco: el ingreso en la Academia Real de Ciencias de París, la meca de los sabios en aquellos tiempos. Desde 1763 fue presentada varias veces su candidatura, pero siempre apareció en la famosa bolsa de los votos alguna bola negra. No sabemos cuál fue el motivo de tal reticencia, si la envidia de otros astrónomos menos afortunados, la mala disposición de Delisle, la falta de una auténtica carrera científica, o el modesto origen de Messier. Éste cambió de táctica: comenzó a comunicar sus descubrimientos, y a enviar artículos y mapas a la Royal Society de Londres, a la Academia de Berlín y a la Academia Imperial de San Petersburgo, prestigiosas instituciones que se apresuraron a nombrarle Socio de Honor. En vista de lo cual, los franceses comprendieron al fin que no podía ser menos, y lo admitieron en la Academia en 1770.
Una vez conseguido su sueño, la actividad académica de Messier fue frenética: participó en todas las discusiones científicas, envió comunicaciones y publicó multitud de trabajos y magníficos mapas en el Boletín anual, incluyendo las dos partes de su célebre Catálogo. Se convirtió en el astrónomo más célebre de Francia, y Luis XV le concedió humorísticamente el título de "el hurón de los cometas".
Por 1780 aparece su colaborador Pierre François André Méchain, también astrónomo de la Marina, y éste sí dotado de una sólida formación científica. Si hubo celos entre los dos hombres, no tenemos testimonio alguno de ello. Lo cierto es que mientras Messier envejecía, Méchain se aficionaba más y más a la búsqueda de objetos nebulares, para completar el Catálogo. Siempre ofreció sus descubrimientos a Messier, y éste nunca dejó de citar a su amigo cuando le había anticipado el hallazgo. El hecho es que a partir de M71 hay en el Catálogo más objetos descubiertos por Méchain que por Messier, aunque éste los "controló" siempre antes de incluirlos en sus entradas.

Proyectaba publicar un nuevo Catálogo, completado con los últimos datos y ordenado por ascensiones rectas, pero la inflación propia de fines de los años 80 se lo impidió. Luego, la Revolución de 1789 fue para Messier una desgracia. Cerró la Academia, perdió sus instalaciones del Hotel Cluny, se suprimió el Observatorio de Marina y Messier se vio expulsado y sin sueldo. Hubo de huir de Paris en 1793, el año del terror. No parece que hubiera en ello razones de índole estrictamente ideológica, pero los revolucionarios nada querían saber de quien había sido hasta entonces astrónomo real.
Se le fue rehabilitando poco a poco, y más tarde Napoleón le nombró Caballero de la Legión de Honor. Eso sí, siguió sin dinero, y su salud flaqueaba. Cuando en 1802 le visitó Herschel, gran admirador suyo, el viejo Messier se quejó de que ni le reponían los cristales rotos de su observatorio, lo que le hacía pasar mucho frío. "El mérito no siempre es reconocido como debiera", escribió el gran observador inglés. Messier murió en 1817, a los 87 años de edad. Caso todos los grandes astrónomos fueron longevos.
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